Com a correção do AOJ e os testes ao upgrade do AOJ verifiquei que as tabelas de cache, pesquisas, etc do AOJ já ocupavam cerca de 3/4 do espaço que a BD ocupava.
Por esse motivo, resolvi fazer uma limpeza de logs o que se traduziu de um ficheiro de BD compactado que ia já nos 80MB passando para menos de 25MB :-)
Penso que se pode usar o cron para agendar scripts no servidor. Acho que temos é que estudar uma forma de também eliminar os backups automáticos mais antigos para não estarmos a "abusar" do espaço ocupado. Não sou expert em scripts Linux mas posso tentar dar uma vista de olhos nisso.